Habitée dès le début de la préhistoire, la Franche-Comté fut relativement unie dès l'antiquité. À l'origine territoire des Séquanes (peuple gaulois de l'Est de la Gaule) elle passe, après neuf années de luttes acharnées, sous domination romaine après la chute de Vercingétorix. Occupée brièvement par les Burgondes après les grandes invasions, elle fut annexée en 534. Le christianisme a fait son entrée en Séquanie vers la fin du IIe siècle.
Origines : Albiniacum Villa
Le village de Saint Marcel est cité dès le VIe siècle dans les anciennes chartes sous le nom d'ALBINIACUM VILLA puis d'AUBIGNAC. À cette époque, il se situait très certainement sur le versant Sud et Sud-Ouest du coteau de Roussey, de Maupas et des Montants, à environ 200 m de la route de Vitrey et à 400 m à l'Ouest du village actuel.
Le nombre des vestiges qui ont été découverts en ces lieux assez vastes attestent de constructions importantes : ossements humains, nombreux débris de tuiles romaines, une terre noire et riche, pierres éparses portant la trace du feu, avant-bras d'une statue en plomb découverte en 1884 par des ouvriers qui extrayaient là des phosphates et à 1,50 m de profondeur, en Maupas, aux alentours de 1876, découverte d'une niche remplie de cendres.
En 579, GAUDIN et son épouse LAUTRUDE (de la première noblesse de Bourgogne), ayant hérité du domaine d'ALBINIACUM à titre de franc-alleu, en firent don aux Bénédictins de Saint Bénigne de DIJON. Par suite des guerres qui ont dévasté à plusieurs reprises le Royaume de Bourgogne sous les fils de Louis le Débonnaire (avant l'an 840) et des invasions par les Sarrasins, les Normands et les Hongrois (VIIIe et IXe siècles), les Bénédictins de St Bénigne furent longtemps privés de leur domaine d'ALBINIACUM qui ne leur fut restitué qu'en 1003 par OTTON GUILLAUME alors Comte de Bourgogne.
ALBINIACUM, qui entre temps était devenu AUBINIAC, avait été totalement détruit en ces périodes de troubles et de bouleversements puis reconstruit, plus bas en longeant la Couaz, autour d'une église à trois nefs et de style gothique, dédiée à Saint Marcel et édifiée au IXe siècle par les possesseurs intérimaires de la terre. S'y trouvaient les chapelles de la Vierge, de Sainte Catherine et Sainte Yolande.
Le village naissant autour de cette église prit alors le nom de SAINT MARCEL puis, plus tard celui de SAINT MARCEL LES JUSSEY.
Cette très vieille église, déjà paroissiale au XIe siècle, a été détruite en 1843 et remplacée par l'actuelle, sur le même emplacement.
La Vierge de Cemboing
Une statue de pierre représentant la vierge assise sur un fauteuil et tenant Jésus sur ses genoux a été trouvée en terre dans un lieu où passait la voie romaine Jussey-Voisey (lieu-dit les Herbues, entre les territoires des communes de Saint-Marcel et de Cemboing).
Cette découverte (non datée) fut à l'origine d'un différend entre les deux villages. La légende rapporte que pour mettre fin à cette contestation, il fut convenu de mettre la statue sur une voiture attelée à deux bêtes de trait, l'une de Saint Marcel, l'autre de Cemboing, et que la statue appartiendrait à celui des deux villages où ces animaux la conduiraient d'eux-mêmes. Ils prirent le chemin de défruitement qui conduit à Cemboing en passant devant le cimetière et arrivèrent à l'église où ils s'arrêtèrent.
Cette statue de la Vierge fut alors déposée au fond du chœur de l'église de Cemboing, dans une niche richement décorée. Les habitants du village l'ont en grande vénération, l'appellent « Notre Dame de Cemboing », et s'en remettent à elle pour leurs maladies et voyages.
Mines et voies romaines
Des textes anciens rapportent la présence de mine(s) de cuivre sous l'Antiquité et même d'une mine d'or (un filon d'or) que l'éboulement des terres n'a pas permis de poursuivre l'exploitation. À ce sujet, il est à noter que le Cadastre Napoléonien du village reprend l'indication d'un lieu dit « La Mine » situé le long de la Couaz, sur le coté droit de son cours et sur la gauche du chemin dit « du Cornot ».
À l'époque gallo-romaine fût érigé un château-fort sur la hauteur de Noroy les Jussey qui domine Saint-Marcel. Il fut appelé « la Bridelle » puis « le Chatelet ». Sa superficie était d'environ 2,5 ha et il était défendu par un mur construit avec ciment et présentait des angles aigus au nord et à l'est et un rectangle à l'ouest. Le Cadastre Napoléonien de Noroy les Jussey en fournit approximativement les contours. Des ossements, des souterrains et des armures y ont été découverts. Du haut de ce retranchement et par temps clair, on peut apercevoir 22 villages dont la Citadelle de Langres.
Le Prieuré et la vie médiévale
En 1003, le Comte de Bourgogne Otton Guillaume restitua aux Bénédictins de Saint Bénigne de Dijon le domaine d'Albiniacum. Ces derniers y construisirent alors un prieuré dont les bâtiments occupaient une superficie importante.
Données archéologiques
La Pierre des morts
Photographies du village